A história do município de Alto Alegre está ligada a de outros municípios, ao passado, vivência de ancestrais, soma de fatos e acontecimentos que formam raízes históricas de um povo em determinado território, principalmente o da região de Espumoso, de onde foi desmembrado. Em 1900 uma área próxima ao Rio Jacuí, Faxinal, era habitada por poucos moradores e a pecuária era explorada na região pelos fazendeiros Morais e Pereira.

Por volta de 1919 chegou os primeiros imigrantes alemães ao Faxinal. A família de Jorge Sauer, providos de Tapera adquiriram boa parte da terra, instalaram um moinho e utilizavam a água para mover a agro-indústria. Filho de Daniel Sauer, Jorge Sauer era médico formado na Alemanha, e prestava atendimento médico na região quando solicitado, e utilizava o cavalo como meio de locomoção. Após sua morte seu filho continuou a tarefa utilizando-se dos conhecimentos adquiridos do pai.

A região recebeu os primeiros italianos, a partir de 1924, onde, foi registra a chegada das famílias de Antônio Morgan, Fioravante Pagnussatti e Felicio Pagnussatti. De 1925 a 1928 chegaram às famílias de Pedro Favetti, Orestes e José Pedrassani, Máximino Pagnussatti, filhos de Albino Coraza, João Bertol Filho, Egídio e Victorio Guadagnin. Posteriormente outras famílias italianas chegavam ao Faxinal, tais como Rosa, Faoro, Lorenzi e Tomazi. Por meio desses pioneiros o Faxinal foi desenvolvido.

No início os exploradores abriam picadas para encontrar a melhor localização à instalação de moradias. Eram derrubados pinheiros para serem feitas a machadinhas, as pranchas e taboinhas de cobertura. As maiorias dos móveis foram construídas pelas famílias. Os italianos deram continuidade no Faxinal, de todos os hábitos e costumes providos das origens.

A primeira capela, erguida em 1929 com padroeiro São Marcos e capelão Pedro Favetti. Outra igreja maior construída em 1938 deve como 1º padre o Monsenhor Augusto Rizzi, pároco de Espumoso.

O primeiro professor, João Leonel dos Santos, reunia as crianças em casa para algumas lições, posteriormente a escola passou a funcionar em um pavilhão e na igreja. Em 1934 foi construída a primeira escola.

Conforme alguns depoimentos de moradores alto-alegrenses, o nome da localidade surgiu por ocasião da festa de inauguração da escola, em 28 de julho de 1934. Naquela oportunidade o povo recebeu visitas do município, na época, Soledade. Pela razão da festa ter sido animada, o povo muito alegre e o lugar bonito, aprazível livre e muito alto, as autoridades presentes no então Faxinal, em solenidades inaugurais, pronunciaram que este lugar deveria chamar-se Alto Alegre. O povo aceitou a idéia que permanece registrada até hoje.

Alto Alegre tem, hoje, um desenvolvimento adverso do tempo que era denominado Faxinal, inteiramente coberto por mata virgem. Ao longo de sua formação foram diversas fases distintas; registra-se um período de pequenas indústrias, tafonas, olarias, alambiques, moinhos e uma fábrica de bebidas. O comércio era centro de compra e venda de produtos da terra, bem como suínos e aves. Começou a mudar de fase a partir da introdução do Estado da tecnologia na agricultura. A partir daí foi dada grande valorização à soja e trigo, passando-se aí à fase da monocultura. Acompanhando o desenvolvimento da região, grandes proprietários de terra deram continuidade à exploração do solo através das extensas áreas de soja e trigo, principalmente. A agricultura passou a ser base da economia permanecendo até hoje.

Na expectativa de crescer ainda mais na região, o povo começou a se mobilizar e em 1964 tornava realidade um antigo sonho: Alto Alegrense emancipar. O então prefeito de Espumoso, Arthur Ritter de Medeiros, obteve assegurado mandato de segurança sustando a criação do município de Alto Alegre. Hoje, uma triste recordação, porque a partir de então muitas pessoas procuraram outros centros em busca de melhores condições de vida. Em 1981 iniciou novamente um movimento em busca de sua emancipação política, a qual após muito trabalho, empenho e dedicação da Comissão Emancipacionista, que unida a todo o seu povo vê realizado o seu grande sonho.

Na consulta plebiscitária realizada em 20 de setembro de 1987, a esmagadora vitória do Sim, numa percentagem de 94%, tornando-se assim Alto Alegre independente de Espumoso. O município de Alto Alegre foi criado pela Lei n º 8.428 de 02 de dezembro de 1987 e sua instalação deu-se em 1 º de janeiro de 1989.

Empossado no Executivo o 1º prefeito o Sr. Abilio Terhorst e o Vice-prefeito Sr. Oriovaldo Gastão Vizotto, tendo no Legislativo os seguintes representantes: Anildo Pedro Broch, Ari José Vizotto, Danilo Silveira, Dorvaldo Gonsalves da Costa, Enio Luiz Galvagni, Gilmar Tonello, Hélio Dalberto, Juraci Luiz Bettio e Liberato José Junges.

Com 17 anos de Emancipação Política Administrativa, já passou por quatro Administrações Municipais, atualmente se encontra na sua 5ª Administração, assim constituída: Prefeito: Etelvino Morgan; Vice Prefeito: Marilé Fátima Capitânio Corazza; Secretário(a) da Administração:Daltro Cardoso; Secretário(a) da Fazenda:Altemir Galvagni; Diretor(a) da Educação Cultura e Desporto: Ana Maria Morgan; Diretor(a) da Agricultura e Meio Ambiente: Mário Sostemeier; Diretor(a) da Saúde e Assistência Social: Alvores Rosa; Diretor(a) de Obras: Ibanor Antônio Vizzotto; Diretor(a) de Transporte e Habitação: Jacó Dário Batisti; Diretor(a) de Desenvolvimento Urbano: Gilmar Morgan A Câmara de Vereadores é constituída por: Ernesto César Galera, Adir Vizzotto, Justina Corazza, Cleber Cornelli, Alex Morgan, Jaime Cezar da Silva, Gilmar Tonello, Vilson Werner e Anildo Theis.