Os recursos financeiros provêm do Tesouro Nacional e estão assegurados no Orçamento da União. O FNDE transfere a verba às entidades executoras (estados, Distrito Federal e municípios) em contas correntes específicas abertas pelo próprio FNDE, sem necessidade de celebração de convênio, ajuste, acordo, contrato ou qualquer outro instrumento.

As entidades executoras (EE) têm autonomia para administrar o dinheiro e compete a elas a complementação financeira para a melhoria do cardápio escolar, conforme estabelece a Constituição Federal.

A transferência é feita em dez parcelas mensais, a partir do mês de fevereiro, para a cobertura de 200 dias letivos. Cada parcela corresponde a vinte dias de aula. Do total, 70% dos recursos são destinados à compra de produtos alimentícios básicos, ou seja, semi-elaborados e in natura. O valor a ser repassado para a entidade executora é calculado da seguinte forma: TR = Número de alunos x Número de dias x Valor per capita, onde TR é o total de recursos a serem recebidos.

A escola beneficiária precisa estar cadastrada no censo escolar realizado pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep/MEC). Já a escola filantrópica necessita de registro e de certificado expedido pelo Conselho Nacional de Assistência Social (CNAS), além de declarar ao censo escolar se oferece alimentação escolar aos seus alunos com recursos do Pnae.

A aquisição dos produtos e a elaboração dos cardápios são competências dos estados e municípios, que devem obedecer a todos os critérios estabelecidos na Lei nº 8.666, de 21/6/93, que trata de licitações e contratos na administração pública. O cardápio deve ser elaborado por nutricionistas habilitados, com a participação do Conselho de Alimentação Escolar (CAE), respeitando os hábitos alimentares e a vocação agrícola da comunidade. Cada refeição deve suprir, no mínimo, 15% das necessidades nutricionais diárias dos alunos. Sempre que houver a inclusão de um novo produto no cardápio, é indispensável a aplicação de testes de aceitação.